在新的动荡的预感前，有一个短暂的幕间故事——古城和雪菜在围绕圣歼的与沃特勒的战斗中获胜。古城堡因为弓神岛被划分为自己的“夜晚帝国”而成为了岛上的实际统治者。我过着和以前没什么变化的日常生活。就在这个时候，关于弓神岛周边海域发生的原因不明的海难事故，狮子王机关和太史局将进行联合调查。另一方面，古城被呼唤自己的声音吵醒了。在他记忆模糊的视野里，雪菜红着脸，好像是睡在自己的包里。“前辈……我把重要的东西弄丢了……”
山海妖星？时空裂缝？如何阻止妖族入侵拯救沧元界？
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
