近未来的东京,有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织,以开发最强兵器为目的的导示重工,和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个,就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ,两人幸福的生活着,但是,等待着她们的却是,WITCHBLADE那暗之力的召唤,以及异常残酷的命运……
“信号塔大战”后,熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城,找寻缩小器的回家之路更是状况频出,但他们从未放弃希望,最终与小动物们合力拯救小镇,呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。