2010年,曾经的小学生们已经步入大学,太一、阿和等人步上不同的人生道路,而就在此时,数码宝贝的研究者却告诉他们:“被选召的孩子们”长大成人后,数码宝贝也将随之消失…
伝説の竜の卵を求めてある街を訪れた尋海アリスは、ホラーに襲われそうになったところを、銀牙騎士ゼロこと涼邑零によって救われる。それ以来、零に興味を持ったアリスは彼に付きまとう。零はアリスをやり過ごしながらもこの街でホラーを討滅し続けていくが、やがて人間を憎悪する竜騎士エデルが復活したことから、竜を巡る戦いに巻き込まれることとなる。