1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
太平洋雨夜，海滩尸骸遍野，货船遭巨兽撕碎，灾难预兆降临。边郊监狱内，死刑犯乌川临刑前夜遇史前大蛇袭击，混乱中越狱，却在唐人街被女警秦雅擒获。 恰逢驲珲化工爆发蛇灾，乌川母亲被困车间，他拒捕欲救人，此时各类史前怪兽肆虐，城市沦为炼狱。二人与幸存者躲进超市，合力斩杀潜藏怪物。众人查明，驲珲化工违规排海才引生物报复。 吴川挺身营救母亲与幸存者，击败大蛇阻止二次污染
《灵魂灯》的故事发生在封建时代的一个北方村庄。Thuong 独自抚养儿子，希望丈夫服完兵役后能回来。一天，Linh（Thuong 的儿子）无意中捡到一盏神秘的灯。他开始称墙上的影子为父亲。据村里的巫师说，这是一盏灵魂灯，可能召唤了寻求报复的恶灵。从那一刻起，不寻常的鬼魂事件开始困扰 Thuong 和村民。
日本殖民朝鲜时期，日本将军之孙长谷川辰雄（小田切让 Jô Odagiri 饰）与贫贱子弟金俊植（张东健 Dong -gun Jang 饰）竞逐长跑，直至奥运选拔。尽管俊植涉险夺冠，却被诬陷违规。愤愤不平的民众与军方发生冲突，最终俊植被充军。他和兄弟们屡遭日军凌辱。一次野战，俊植意外俘获了专门射杀日军的狙击手斯莱（范冰冰 饰）。上将辰雄来前线督战，令俊植受辱。他每晚坚持长跑，却被烧了跑鞋。他不愿做敢死队，索性集体出逃。俊植看到苏军压境，决定跑回送信。结果，日军惨败，辰雄和俊植被俘。冰天雪地，俊植见到了此前出逃的兄弟众泰，但后者已成冷血。一次骚乱之后，俊植和辰雄角斗，结果俊植宽容了对手。此后，德军疯狂反扑，俊植和辰雄在敢死队同历生死。他们为了逃命，同甘共苦，翻山越岭，来到德军占领地。两人失散，再见竟是诺曼底的德军阵营，辰雄再次见到了那个奔跑着的身影……
