1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
在古代，五行相克的秘术为人所知，分别为御金、生木、凝水、炼火、祭土五种术法，各自对应五个门派。其中，操控金属的金门以其强大的御金术而闻名，曾拥有传说中的神秘宝物——金扳指，内封金龙之力。然而，随着岁月流逝，金门日渐衰落，金扳指的下落也成为谜团。 现代，金门的传人老杨和他的儿子杨一斤（张函峰 饰）生活在桃源镇，过着平静的日子。老杨希望儿子能安稳度过一生，承继金门的传统。然而，杨一斤心怀大志，渴望外出闯荡，追寻属于自己的光辉事业。这场父子之间的矛盾由此展开。每当杨一斤提及离开桃源镇的愿望时，老杨总是劝阻，担心外面的世界对儿子充满了未知与危险。他认为在家安安稳稳过一辈子才是最好的选择，不愿让杨一斤冒险外出。然而，杨一斤内心却燃烧着对未知世界的向往和探索欲望，他希望通过自己的努力去实现自己的梦想，而不仅仅是过着平凡的生活。
故事承接《鬼灭之刃柱训练篇》。
