猪猪侠说他自己曾经进入时空隧道，回到了208年的奥林匹斯小岛。迷糊博士觉得事情的可信度很高，于是决定研究大钻石的神奇力量，希望可以回到208年的世界去看个究竟。迷糊博士把大钻石装在了一台时间机器上，并找来猪猪侠帮忙实验。然而在混乱当中，迷糊把时间机器的时空坐标调到了2080年，结果一不小心，把猪猪侠给传送到了未来的世界。在未来的世界里，科学技术的发展可谓一日千里，各种体育运动项目也是借助高科技的产品进行的。这时，破旧不堪的望子成龙小学由于经费不足的问题，面临停学危机，波比等...
骊珠洞天破碎，少年陈平安肩负重任，护送李宝瓶等人前往大隋求学。路途凶险万分，既有大骊铁骑追杀，也有精怪鬼魅环伺。前有神秘剑客阿良现身相助，后有文圣，崔诚等人悉数登场。少年郎行万里路，挥百万拳，肩头既有草长莺飞也有责任使命。人间山水郎，踏上了他的成长征途。
魔戒骑士冴岛雷牙。雷牙作为接受指令的守护者每天进行恐怖狩猎。希望成为人的力量的茧利，在雷牙下每天培育花。两人过着平静的日常生活，某个满月之夜，两人面前出现了一个戴着白色面具的男子白孔。白孔之剑袭击雷牙。激突的剑将火花四溅！由于白孔的术而在黑暗中徘徊的茧利。雷牙追着茧利乘上了不可思议的列车。火车的汽笛撕裂黑夜。继承黄金骑士加罗称号的冴岛雷牙的新的、以及壮烈的考验开始了——。
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
