自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
究竟是什么塑造了真正的你?电影将聚焦乔伊·高纳(杰米·福克斯配音)。这位中学音乐老师获得了梦寐以求的机会——在纽约最好的爵士俱乐部演奏。但一个小失误把他从纽约的街道带到了一个奇幻的地方“生之来处”(the Great Before)。在那里,灵魂们获得培训,在前往地球之前将获得他们的个性特点和兴趣。决心要回到地球生活的乔伊认识了一个早熟的灵魂“二十二”(蒂娜·菲 配音),二十二一直找不到自己对于人类生活的兴趣。随着乔伊不断试图向二十二展示生命的精彩之处,他也将领悟一些人生终极问题的答案。
1998年夏季,拥有预测型未来视的女孩濑尾静音(井口裕香 配音)邂逅伽蓝之堂的黑桐干也(铃村健一 配音)。从对方口中,她了解到未来视的真相,心中的疑惑和焦虑也烟消云散,但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面,拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏,利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件,直到他遭遇冷静干练的两仪式(坂本真绫 配音),命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年,失去了未来视能力的瓶仓光瑠(石田彰 配音)转行做了绘本画家,命运安排他和两仪式及其女儿未那(金元寿子 配音)相逢,此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母……本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。