医生林一楠在一次出诊看病的时候，接到了一个神秘男人打来的电话，神秘男人让她在接下来的几天时间里，去拯救六个人的生命。神秘男人说第一个要死的人是个叫苏红的女人，林一楠并不相信神秘男人的话，可没想到苏红却真的死在了自己面前。 神秘男人告诉林一楠第二个要死的人，是个叫周虎的厨师，林一楠救下了周虎，可她因为接连两次出现在凶案的第一现场，也被警察怀疑她有可能是杀人凶手，为了洗脱嫌疑她开始调查真相，这也引起了未婚夫沈天海的误会，林一楠和沈天海闹了很深的矛盾。 神秘男人又打来电话，告诉她第三个要死的人是沈天海，林一楠为了救沈天海自己身中一枪，林一楠把所有事情都告诉了沈天海，沈天海陪同林一楠开始调查真相。 此时神秘男人打来电话，告诉林一楠第四个要死的人是她的病人钱小月，林一楠赶去救了钱小月一命，林一楠回忆着发生的所有事情，发现这件事可能和自己曾经看过的病人有关系，此时神秘来电告诉林一楠第五个要死的人是她的好朋友月娇，林一楠冒死救下了月娇。 通过调查林一楠发现这件事，和自己曾经治疗过的一个病人李强有关系，李强因为自己没有及时治疗去世了，他的家人非常记恨林一楠，当大家都以为李强的父亲才是真凶的时候，神秘来电再次打来告诉林一楠，第六个要死的人就是林一楠她自己。 林一楠被绑架了，真凶出现在林一楠面前，没想到真凶居然是月娇，原来月娇是李强的未婚妻，经过了一番波折月娇被绳之以法。
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
故事发生在以音乐为中心、次文化兴盛的涩谷，与能映射出人们内心“真正的心愿”的「世界」中。某天，一直用音乐给人们带去力量的虚拟歌手初音未来，发现自己的歌声无论怎样都无法传达出去……而一群在「世界」中追寻音乐梦想的少年少女们与初音未来相遇，共同寻找着可以让初音未来“将歌声传达出去”的方法。
Having taken control of a maximum security prison, a criminal mastermind faces off against a retired Black Ops agent who had been visiting his incarcerated son.
