上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
超级人工智能“智体”即将引爆全球核弹危机，把世界推向毁灭边缘。而伊森·亨特（汤姆·克鲁斯 饰）和他的IMF小队在上次行动中遭遇重创，团队濒临分崩离析。虽然伊森已获得关闭“智体”的钥匙，但要彻底消灭“智体”，完成这一拯救全人类的终极任务，仍需要IMF小队齐心协力突破重重困难。他们不仅要面对全知全能又无影无形的“智体”与其手下盖布瑞尔（埃塞·莫拉雷斯 饰）的百般阻拦，还要解决来自过去的种种恩怨。每个抉择都关乎信念与命运，等待伊森和IMF小队的，究竟是怎样的结局？
这集，神勇干探陈家驹（成龙 饰）将远赴大陆，化身囚犯打入国际军火毒品走私集团的内部。在大陆美女公安杨建华（杨紫琼 饰）的帮助下，家驹顺利接近了正在服刑的集团成员豹强（元华 饰）。豹强视家驹为心腹，和他策划越狱行动。为了放长线，家驹爽快应承了。 他们越狱后，豹强主张到家驹随口编出来的家乡躲避，幸得杨建华提前安排，才没有漏出马脚，杨建华自称家驹妹妹，与他们同行。他们来到香港见到了集团的老大猜霸，顺利成为集团的一员。猜霸带着手下前往吉隆坡营救被绑架的妻子，遇到了家驹的女友阿美（张曼玉 饰）。阿美不知家驹正在执行任务，以为他和杨建华在偷情。阿美的举动引起了集团成员的怀疑，连场大战一触即发！
