江力申（唐文龙 饰）天生阴阳眼，跟随江湖大佬志雄工作，心地善良，乐于助人。一次，他意外遇到游魂钟太寻替身，不忍见其陷入不归之境，于是将盈莹救了回来。然而，这个善举却破坏了阴阳定律，激怒了本应安息的恶魂钟太。为了让爱子忠仔能够早日转世投胎，钟太开始苦缠不休地找寻力申，甚至将忠仔附在他身上，使他陷入生死危机。 江力申的好友毕基找来毕仁替他驱鬼，但毕仁的能力有限，未能解决问题，反而惹怒了钟太，使情况雪上加霜。毕基只好请来龙娣解决这个麻烦。在龙娣的调查下，才发现力申的善意导致了灾祸的连连发生，盈莹家中也遭受了不幸。原来，钟太因怀孕时溺水而亡，爱子忠仔至今未能转世投胎，而寻替身的行动多次被力申破坏，导致钟太怨念重重。龙娣作为谈判专家，成功劝说钟太接受事实，找来五轮法王查问忠仔未能投胎的原因，以期解决这场纠纷。
天帝在生日宴上许下了去人间游历一遭的愿望。众仙劝阻不住，但为保人间秩序，将天帝的法力尽数卸去，带着三界石下界成功。下凡的天帝因破坏神像被解送官府。天帝在庙内受罚，却对前来上香的由狐狸精所化的女孩产生好感。狐狸精将天帝骗到妓院，妖帝化为老鸨偷取三界石，欲杀天帝。此时许梦蛟带队查案，得到报信的青白二蛇也赶来救主。混乱中，妖帝不及法力，只好逃走。而许士林随后中计附体，白蛇不忍杀死“许梦蛟”，愤怒之下，天帝与青白蛇分道扬镳。 天帝去找百姓和小仙帮忙，才惊觉他在人间已威信扫地，只好独自和妖帝死战。生民心中感动，重新供奉天帝。危难之际，天帝在众人供奉中重获法身，最终击败妖帝，使得三界平息动荡，重获安宁。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
