1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
毕基于酒吧捡到一包毒品，适时警察出现，基被指贩毒，后被判入狱。龙娣于外地回港，才知毕基出事。龙娣忙往监狱探访毕基，见基面色有异，算出基被女鬼缠上。为求化解灾劫，龙娣要从仁、八、九中抽选其中一人入狱以救毕基。 毕基被狱中老大欺负，又被女鬼苦缠要替她找出丈夫，苦不堪言。另一方面九被选中入狱，但九做尽坏事仍没被捕。反而仁无心之失，误伤交通警被捕成阶下囚。女鬼四出威吓众囚犯替其寻找丈夫，连署长亦被吓倒。经毕仁介绍，署长请龙娣驱鬼。龙娣迫女鬼现身，才知女鬼的丈夫巫明天被误控贩毒而判刑，巫明天自感前途尽毁，未能照顾妻子美好，于狱中自杀。 美好为表对夫坚贞竟自杀示爱，化成厉鬼到狱中寻夫，可惜遍寻不获。署长告知巫明天刑期未满，被葬于监狱的后山，女鬼遂往后山寻夫。 龙娣认为毕基被控贩毒，可能亦是冤狱，叫八哥、九哥打听消息。此时女鬼在后山未能找到巫明天，大怒下要向愚弄她的人报复…
