“想洗清嫌疑,方法有很多,语言辩解只是其中的一种,但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法!”紫川秀,这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领,在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下,成为了远东地区数十万联合部队的首领。一位新的远东之王——光明王,诞生了!
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇,自称为"奥特曼"的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫,但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活,所以便借用光超一郎的身体与之合为一体,并可以用"闪光之星"来随时变身,使人类得以应付即将到来的各种危机…作为奥特曼系列的动画版,比起特摄片有固有的优势。在这里,主角可以做以前奥特曼们无法完成的特技。同时在一话中可以有数个奥特曼和怪兽登场,而不用额外的开销。而且,怪兽的设计者们不用再被这个时代"怪兽的皮套需要适应人的体型"这一技术条件所限制。因此,他们的创造力可以无限发挥。