江力申（唐文龙 饰）天生阴阳眼，跟随江湖大佬志雄工作，心地善良，乐于助人。一次，他意外遇到游魂钟太寻替身，不忍见其陷入不归之境，于是将盈莹救了回来。然而，这个善举却破坏了阴阳定律，激怒了本应安息的恶魂钟太。为了让爱子忠仔能够早日转世投胎，钟太开始苦缠不休地找寻力申，甚至将忠仔附在他身上，使他陷入生死危机。 江力申的好友毕基找来毕仁替他驱鬼，但毕仁的能力有限，未能解决问题，反而惹怒了钟太，使情况雪上加霜。毕基只好请来龙娣解决这个麻烦。在龙娣的调查下，才发现力申的善意导致了灾祸的连连发生，盈莹家中也遭受了不幸。原来，钟太因怀孕时溺水而亡，爱子忠仔至今未能转世投胎，而寻替身的行动多次被力申破坏，导致钟太怨念重重。龙娣作为谈判专家，成功劝说钟太接受事实，找来五轮法王查问忠仔未能投胎的原因，以期解决这场纠纷。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
道士乐鳌与夏秋追寻煞灵至陆府，看到陆老中邪丧失心智，乐鳌替天行道斩杀了陆老。其女陆天岐从此对乐鳌怀恨在心。 栗城副帅潘宇梁得知乐鳌法力，请其出山降服煞灵，途中遇到前来复仇的陆天岐，可惜陆天岐武艺不精，被夏秋制服后便被副帅关押起来。继续赶路的途中乐鳌与夏秋得知，此次中邪之人正是军队大帅，乐鳌斩除煞灵，大帅亦死，潘宇梁顺势成为统帅。但统领栗城打仗的潘帅节节败退。看到栗城日渐荒废、百姓不得安宁，乐鳌心生愧疚。 煞灵找到失落的潘帅，附身于他，利用陆天岐的仇恨，让陆天岐诱骗出乐鳌的夜行医手札。陆天岐在诱骗乐鳌的过程中发现乐鳌内心的善良，乐鳌也逐渐顿悟手札的奥义，成功进入永夜岛。陆天岐后悔诱骗乐鳌为时已晚，潘宇梁挟持道观中人逼迫乐鳌交出手札，释放煞灵。 最终，潘宇梁的本体战胜煞灵，乐鳌夏秋陆天岐三人合力，将煞灵斩死，栗城恢复了安宁。
惠宜（张可颐 饰）天性好赌，只要是和赌有关的任何事情，她都想在里面掺一脚，只是惠宜的运气似乎极差，大多数的赌局她都以失败告终。一天，在一条游轮上，惠宜又上了赌桌，和往常一样，很快的，她的兜里就输的一毛钱也不剩了。气愤之中，惠宜来到甲板上散心，偶遇了勤杂工毕比特（雷宇扬 饰），毕比特告诉惠宜，她之所以运气这么差是因为没有按时祭扫已经去世的双亲的墓。 信了毕比特的话，惠宜决定祭祀一下仙人，才发现双亲的墓地早已经长满了半人高的杂草。在除草的过程中，惠宜误将垃圾倒到了隔壁的墓碑上，这下可好，寄宿在墓碑上的烂赌鬼彻彻底底的缠上了惠宜。
