在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
端木（许峰 饰）灵灵（曹曦月 饰）在探案过程中，发现了被宇宙病毒附体的暴恶兽人-欧克瑟亲王拉姆达（李宏磊 饰） 和符艾（龙女 饰），二亲王轻易占领关押着丧犬病毒感染者的U.C.P控制所，并使众多感染者再次成为欧克瑟，妄图组建欧克瑟大军，危害社会。U.C.P控制局派出卫队进攻控制所却屡受败绩，关键时刻雅塔莱斯和特鲁两位超级铠甲出现解救了控制所内的人质。拉姆达和符艾利用诡计潜出被D卫队包围的控制所，准备危害城市。端木、青山（曾祥程 饰）、阔海（李欣泽 饰）、柯胜（朱佳琦 饰）分别召唤雅塔莱斯、特鲁、拿瓦、茨纳米、驮拏多、酷雷伏铠甲，利用自然的力量对违反自然的可怕欧克瑟迎头痛击。不料，拉姆达与符艾却酝酿着另一个巨大的阴谋……
从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
