明朝神宗年间,黑白颠倒,朝纲混乱。刑部尚书郑重(黄正利 饰)图谋不轨,意欲谋反,然苦于兵部尚书刘天和(川原 饰)等贤良震慑,怀恨在心。为清除异己,郑设计派胡龙(李海生 饰)混入刘府,二人过招之时将刘刺杀。随后胡越墙逃跑,而举荐胡龙的朝勇将军萧如风(刘忠良 饰)则被诬为凶手拿下。 萧情知中计,趁差人不备夺路而逃,决心捉拿胡龙洗脱罪名。郑重为杀人灭口,广告天下十三省府衙捉拿,并派出功夫与萧不相上下的中军沈乐(王将 饰)一路追踪……
1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子 饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二 饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美 饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸 饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬 饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧,五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾,一路无视特生自卫队的攻击来到了品川,令城市变成了一片火海。面对如此情景,五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉,机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。