四名前西班牙特工在全球不同地点同时遇刺。西班牙国家情报中心发现，数十年前他们都在哥伦比亚参与了秘密的谢纳加行动。西班牙国家情报中心最出色的特工泽塔必须追查并保护唯一的幸存者，这将是他迄今为止最危险的全球任务。哥伦比亚顶级特工阿尔法将与泽塔并肩行动，而她似乎比他更了解谢纳加行动背后的秘密。
米兰达是威尼斯一家酒吧的老板，丈夫在二战中战死。米兰达有个情人是议会的老议员。老头经常弄点项链什么的首饰哄着米兰达与他幽会，每次又力不从心，还总信誓旦旦地想娶米兰达。小米只是嘲弄地说他是自己感情生活的调味品。
冬天，小米又找了个情人，是个卡车司机，还把货柜破改成了卧室，每次途经酒吧，总要跟小米在卡车上缠绵——但卡车司机是个咸粗鲁的家伙，小米认为他根本不懂爱，因此也不愿意嫁给他。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
