沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
在遥远宇宙的最深处，有一颗名为塞博坦的星球。数千万年前，一种高级智慧生命体为了某种目的开发出军用和民用两种机器人，但是随着各种事件的发生和机器人不断进化，机器人最终取得独立和自由。他们分别称作狂派（霸天虎）和博派（汽车人），双方为了争夺塞博坦的统治展开旷日持久且不断升级的战争。时至今日，能源枯竭的塞博坦迫使博派向外寻求能量，而狂派尾随而至，双方最终来到了地球。自此以后，双方在擎天柱和威震天的率领下，以地球为据点展开新一轮的较量。神乎其神的变形能力，不断得到开发的新型战士，以及彼此全力争夺的能量块。宏伟的变形金刚故事缓缓拉开大幕…… 本片为孩之宝公司为配合相应的玩具销售而制作的经典系列动画。
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