该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
在神秘莫测的乌蒙灵谷一个山洞内，封印着拥有强大力量的上古凶剑“焚寂”，传说这把剑足以令持有者杀戒大开。在“焚寂”的封印即将解除之际，一群黑衣人闯入灵谷，残忍剿灭了守护凶剑韩氏一族。韩氏子嗣韩云溪（李易峰 饰）被紫胤真人所救，带回天墉城。失去记忆的云溪更名为百里屠苏，跟随真人学习剑术。时光荏苒，转眼八年过去，新仇旧怨以及体内蓄势待发的煞气让屠苏无法找到容身之地，万般无奈之下他只得选择下山。 险恶江湖，逐渐找回记忆的屠苏四处寻找灭族仇人，在这一过程中他与欧阳少恭（乔振宇 饰）、风晴雪（杨幂 饰）等人邂逅。由此上演了一连串惊天动地的剑侠传奇……
嬴政（刘永 饰）和燕太子丹（潘志文 饰）是青梅竹马的挚友，彼此之间有着深厚的友谊。之后，一直养在赵国的嬴政跟随父母回到了秦国，并且最终登上了皇位。在做太子期间，嬴政爱上了韩国公主韩弥（麦翠娴 饰），对其一往情深，可是韩弥喜欢的却是温文尔雅的太子丹。 登上王位之后，嬴政开始施展自己的野心，大有灭六国统一天下之势，他和太子丹之间的友谊因此产生了裂痕。荆轲（刘松仁 饰）决定刺杀嬴政，却在此过程中结识了猎户之女雪莹（米雪 饰），荆轲知道这将会是一场有去无回的旅途，忍住悲痛离开了爱人。最终，刺杀行动失败，荆轲丢掉了性命，却名垂千古。
