自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里,千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”,最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是,由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战,千空等人的科学王国占优势,之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类,科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标! 冲出世界解开石化之谜!石头世界大航海时代终于开幕——‼
故事发生在一个人类文明科技极度发达的未来社会,机械帝国凭借着拥有大量优秀科学家和研造出的高智能机器人称霸宇宙,巨大的机器王国就此建立。帝国之中,凤(一条和矢 配音)、华莲(绪方惠美 配音)、北斗(佐久田修 配音)和龙(藤原启治 配音)是辅佐机械皇帝的四灵将,其中,华莲于无意之中发现了皇帝可怕而又强大的野心,决定不再助纣为虐,于是带着属于她的高能机器人逃往神居岛。 在神居岛,莲花邂逅了名为高宫铁兵(桧山修之 配音)的放牧少年,之后成为了他的师父。钢太郎是铁兵的哥哥,皇帝觊觎钢太郎高超的智商将他绑架。为了救出哥哥,正直勇敢的铁兵潜入了机械王国。