这是新时代骑士与人工智能的正面交锋。故事背景设定为迎来新时代的日本。引领人工智能潮流的公司——“飞电智能”,研发了一款AI机器人,并将其投入到实际运用中。它们完美融入了职场,把新时代朝着电子化的方向推进。但妄图灭绝人类的恐怖分子“灭亡迅雷站”黑了机器人的系统使之暴走。在这样的情况下,政府成立了专门针对AI犯罪的人工智能特务机关,来镇压暴走的AI机器人,维持治安。在一系列事件中,以成为搞笑艺人为目标的主角——飞电或人成了中心人物。在被炒鱿鱼的主人公面前出现了一辆无人驾驶的高档车,然后他突然间被告知,自己要继承飞电智能公司社长的宝座……
故事发生在名为美滨学园的私立寄宿制学校之中,高耸的墙壁和森严的制度让这所仅有五名学员的学校成为了与世隔绝的桃花源,某日,一位名为风见雄二(樱井孝宏 配音)的男生转学来到了这里,打破了此处维系多时的平衡,与此同时,雄二亦是学园中唯一的男性。 冷漠寡言的千金大小姐榊由美子(田中凉子 配音),大大咧咧毫无防备的周防天音(田口宏子 配音),傲娇毒舌的金发双马尾松岛满(水桥香织 配音),表面天真无邪实则神秘莫测的入巢莳菜(民安智惠 配音),温文尔雅却略微有些天然呆的小岭幸(清水爱 配音),在这些个性迥异的女孩子们的围绕下,雄二会迎来怎样的校园生活呢?
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。