机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
在不远的未来，地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫，它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船，携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时，也给人类带来了先进的基因技术，人类由此进
这一切，始于突如其来的退婚……出身武道名门安诺瓦兹公爵家的千金玛丽亚（昵称：咪咪），虽是最小的孩子，却因展现出“武术的才能”而被当作继承人来培养。然而随着弟弟的降生，这个职责突然就卸下了……虽然父亲严令要找个优质金龟婿，可穆罗王国内那些显赫的贵族公子早就名草有主了。走投无路之下，她投奔远房亲戚艾达，前往邻国鲁比尼王国留学并积极相亲。谁知在皇家学院的毕业派对上，素未谋面的雷纳托王子竟当众宣布解除婚约——这桩婚事她压根就不知情！明明连婚约都还没订下，玛丽亚却惨遭悔婚？！她的相亲之路将何去何从？武力派大小姐的爆笑恋爱喜剧正式开演！！
1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直到他遭遇冷静干练的两仪式（坂本真绫 配音），命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年，失去了未来视能力的瓶仓光瑠（石田彰 配音）转行做了绘本画家，命运安排他和两仪式及其女儿未那（金元寿子 配音）相逢，此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母……本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。
