在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
《电击小子3之四圣团》，承接第二季剧情，电击小子继续守护着家园的安宁。然而他们不但要提升自己的能力，更要穿越时空，奋力阻止时空海盗“四圣团”作恶。在此过程中，电击小子和伙伴们凭着自身努力和各种神奇武器，实力不断提升。同时小光等人也渐渐领悟到成长的真谛，面对挫折永不放弃。
