1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
抗日战争胜利前夕，国军将领雷义方（黄晓明 饰）以惨重的代价取得了重大胜利，这次战役中的幸存者还有通讯兵佟大庆（佟大为 饰）以及台湾籍日军军医严泽坤（金城武 饰）。抗日战争结束，雷义方迅速与千金小姐周蕴芬（宋慧乔 饰）相恋结合；佟大庆喜欢上了跟自己假扮夫妻拍照各取所需的孤 女于真（章子怡 饰），两人相遇不久就各奔前程；严泽坤顺利回到台湾，乘坐“太平轮”穿梭于海峡两岸购买药材，却心系青梅竹马的日籍女子雅子（长泽雅美 饰）不能忘怀。内战的爆发迫使雷义方和佟大庆重回战场，周蕴芬和家人乘“太平轮”去了台湾，从此开始漫长的等待。历史的不幸使大家相遇，“太平轮”成了几对情侣此生的牵挂。 本片为《太平轮》的上集。
因犯事而被判入狱之弱智成年人肥猫获保释，社会工作者玛姬奉命派往照料肥猫，玛姬接肥猫出狱，并带他去离岛拜祭父母，因交通意外二人分开，肥猫独自流浪。肥猫得一老人五叔公收留，由于其简单乐观性格，很得村人好感，更化解老人与隔壁青年之误会，三人成为好友，肥猫快乐的渡过了一段时间。肥猫参加乡村表演，玛姬从电视看到，于是往乡村向老人讨回肥猫，谁知警察的突然介入让肥猫身受重伤。
