前“兵王”阿龙为寻找失踪女儿,孤身潜入血腥犯罪园区。从诈骗园区到器官黑市,他孤身对抗整个血腥系统,直到与幕后Boss昆麦展开最终决战……
故事发生在韩国釜山的海云台,在2004年印尼海啸中,由于船长万植(薛景求 饰)的失误导致了妍熙(河智苑 饰)父亲的死,他内心怀有深深地自责,并无微不至地照顾这个邻家妹妹,慢慢地两人暗生情愫。不过,万植的中学同学吴东春(金仁权 饰)却并不看好这对苦命鸳鸯。万植的弟弟亨植 (李民基 饰)是海上救生员,他在一次行动中,认识了富家小姐金希美(姜艺媛 饰),两人在阴差阳错的交往中,闹出了不少误会。维珍(严正花 饰)推动海云台成为世博会旅游观光点的大使,她和前夫——国际海洋研究所地质专家金辉(朴重勋 饰)育有一女,但她现已另觅爱人。金博士为此非常苦闷,同时他在观测中发现大马岛和海云台的东海地质情况跟2004年的印尼海啸如出一辙,一次罕见的巨大海啸正在逼近海云台,然而灾难防御厅却对此不以为然……
1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子 饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二 饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美 饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸 饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬 饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧,五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾,一路无视特生自卫队的攻击来到了品川,令城市变成了一片火海。面对如此情景,五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉,机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。