韦小宝（周星驰 饰）要护送建宁公主（邱淑贞 饰）嫁到云南，在途中遇到了独臂神尼的刺杀。小宝被抓走后，借口拜神尼为师，其实是想追求其徒弟阿珂（李嘉欣 饰）。不料韦小宝被神龙教圣女龙儿（林青霞 饰）抓走，想要报了之前在王宫里埋下的仇恨，却没想到遭到了平西王的陷害。韦小宝极力相救，龙儿以身相许更把绝世武功传于韦小宝。韦小宝与公主之间的事情被平西王发现了，平西王更提前造反，小宝将贪图富贵的冯锡范骗到东郊皇陵，没想到那里竟然是大清龙脉……
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
Reeve（郑伊健饰）是一个僵尸猎人，每次出动前都要喝下药水变得半人半僵尸才能发挥功力。他的前搭档Lila（何超仪饰）因一次行动中丧生，由Gypsy（钟欣桐饰）来接替。她的到来令Reeve的妹妹Helen（蔡卓妍饰）很不满，两女更大打出手。 僵尸王子Kazaf（陈冠希饰）与仆人Prada（黄秋生饰）靠父亲僵尸王寄来的血浆生活，他生性善良，从来不会伤害无辜。Helen邂逅了帅气的Kazaf。一天Kazaf被僵尸伯爵追杀受伤，Helen得知他的身份后，毅然帮他到医院偷血，还把他带回家。原来僵尸圣典《Day for Night》就在Kazaf手上。 Reeve因一次行动后找不到解药，因此变成了僵尸，还差点杀掉了自己的妹妹，迫于无奈之下，Gypsy把心爱的Reeve杀掉，Helen也为着要救回落入僵尸伯爵手中的Kazaf，与Gypsy联手进攻。
