故事发生在一个人类文明科技极度发达的未来社会,机械帝国凭借着拥有大量优秀科学家和研造出的高智能机器人称霸宇宙,巨大的机器王国就此建立。帝国之中,凤(一条和矢 配音)、华莲(绪方惠美 配音)、北斗(佐久田修 配音)和龙(藤原启治 配音)是辅佐机械皇帝的四灵将,其中,华莲于无意之中发现了皇帝可怕而又强大的野心,决定不再助纣为虐,于是带着属于她的高能机器人逃往神居岛。 在神居岛,莲花邂逅了名为高宫铁兵(桧山修之 配音)的放牧少年,之后成为了他的师父。钢太郎是铁兵的哥哥,皇帝觊觎钢太郎高超的智商将他绑架。为了救出哥哥,正直勇敢的铁兵潜入了机械王国。
1989年,日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年,DIO复活了。同时,乔瑟夫的孙子,空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力,DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲,陷入病危情况;为了拯救命在旦夕的母亲,承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。