机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
伝説の魔城ラダン。全てを闇と化すその強大な力の前に、 相反する力を操る陽の魔戒法師と陰の魔戒法師が力を合わせ、 多くの犠牲を払いながらもその封印に成功したという。 時は流れ、ラダンの脅威はおろか、存在を覚えている者すら皆無となっていた。 ラインシティでの激闘を乗り越えた道外流牙と莉杏は、今宵もホラーを狩り続けていた。 守りし者として、人々の幸せのために。 より強くなった絆と、磨き上げられたコンビネーションで、ホラー・ヘルツバイを圧倒する2人。 その頃、ラダンの封印されている祠に歩み寄る初老の魔戒法師ゲン。 その背後に佇む謎の青年ジンガと、謎の美女アミリ。 ゲンが法剣を引き抜くと、法剣は赤ノ短剣と青ノ短剣に分離して飛び去ってしまう。 そして現れる黒い水晶の様な物体。 それこそがラダンであり、その表面に刻まれる数字は、真の覚醒へのカウントダウンだった。 ヘルツバイの魔の手から女性ユキを救った流牙と莉杏は、その夜空に赤い流星を見る。 それは飛び去った赤ノ短剣だった。 リュメの緊急召集により赤ノ短剣と青ノ短剣を探し出し、 再びラダンを封印する使命を受けた流牙と莉杏は、新たな戦いへと旅立つ。 時を同じくして、ラダンの封印が解かれるのを待っていたかの様に立ち上がる魔戒法師がいた。 その名はガルド。彼もまた短剣を探すべく、魔導具のハルナと共に行動を開始する。 果たしてラダンは甦ってしまうのか？ ガルドの真意とは？ ジンガとアミリの野望、その正体は何か？ 闇を照らす光となれ、道外流牙！ 辛く悲しい決断を乗り越えろ、莉杏！ 全ての陰我を断ち斬れ、黄金騎士ガロ翔！ 吹き荒れろ、金色の嵐！
