武大郎是个侏儒，其美貌妻子潘金莲试图勾引武松，被拒绝，后被当地富户西门庆勾引，奸情败露后，两人趁武松外出公差毒死了武大郎。武松为给哥哥报仇，先杀了潘金莲，又至酒楼与西门庆恶斗，终将西门庆杀死，替哥哥武大郎报了仇。但武松也因此获罪，被流放孟州。在去孟州途中，在十字坡酒店，武松结识了张青、孙二娘夫妇。到达孟州牢城，交了一个叫金眼彪施恩的朋友。第二天，武松一路喝酒，喝到快活林，将蒋门神打到。蒋门神灰溜溜地走了，快活林酒店又归还给了施恩。武松因痛打蒋门神遭张都监陷害，被刺配恩州。在荒僻之地飞云浦，公人受蒋门神指示要害武松，被武松反制将四人斩杀后，折回孟州，回张都监府寻仇。直杀至张都监家后花园鸳鸯楼上，张都监与蒋门神等人在楼上饮酒，武松奋力杀之，并用血在墙壁上大书：杀人者，打虎武松也。之后，武松夜走蜈蚣岭，在坟庵杀死恶道飞天蜈蚣王道人。在逃亡过程中，得张青、孙二娘夫妇帮助，假扮成带发修行的“行者”。武松由斗杀西门庆，醉打蒋门神，大闹飞云浦，血溅鸳鸯楼，一步步走向反抗腐败官宦、惩恶扬善的道路。
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
