沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
林动为了从百朝大战中脱颖而出，带着同伴小貂、小炎深入危机四伏的远古密藏寻找机缘。经历重重艰险后，他击败了宿敌林琅天，在四宗殿的青龙殿获得殿主的武学传承，还获得生死转轮丹，帮助小貂重塑了身体。此后，林动又通过挑战超级王朝参赛者以提升自己积分排名的方式，成功获得了百朝大战冠军之战的参赛资格，并在万众瞩目中再次将林琅天彻底打败。然而，心存不甘的林琅天却与潜伏在百朝大战战场上的西玄域奸细勾结，启动封天阵图要夺走百朝大战所在的远古战场，并将林动等人置于死地。最终，林动带领众多参赛者，齐心协力破解西玄域阴谋，捍卫东玄域利益。林动因此成为百朝大战冠军，并加入超级宗门中的道宗。
热爱冒险的14岁少年翔锋，在一次野外探险的时候闯入了外星侵略者和地球联合军的战场，在躲避攻击的过程中跌入神秘山洞，遇到一个被水晶封印的神秘少女，并意外触发洞中的远古遗迹机关唤醒了沉睡的少女灵心，被吸进入异空间的翔锋获得了凝聚星球意志的星魂之石和召唤咒语。回到现实的他遭到机兽的追杀。在危急时刻星魂之石发生共鸣，翔锋念出咒语唤醒星球的意志，意志能量附着在一辆废弃的跑车上，变形成为红色的机器人——烈空焰，轻松击退了外星机兽。烈空焰是为了守护星球而诞生的6个星魂战士的其中一个，它的主人就是唤醒它的少年翔锋。从此翔锋肩负起守护地球的艰巨责任，他和烈空焰一边寻找唤醒其它的星魂战士，一边和外星侵略者派出的各种敌人展开激烈战斗……
