精灵宝可梦，简称宝可梦。 这个星球上有许多不可思议的不可思议生物。 空中、海中、森林中、街道中，你可以在这个世界的任何地方看到它们。 小智和皮卡丘继续着他们的冒险， 追寻着成为“宝可梦大师”的梦想。 与沿途的野生宝可梦相遇── 以及试图夺取皮卡丘的火箭队── 小智与皮卡丘在这样不变的冒险中过着每一日， 在某个森林中， 他们遇见了受伤的传说宝可梦·拉帝亚斯…！
守护者马丽娜失去了奇迹宝盒以及宝盒里的精灵！如今的马丽娜只剩下奇迹米可幻奇，艾俊也只剩下自己的黑猫米可幻奇。马丽娜十分自责，对自己守护者的身份和能力产生了质疑。没有了宝盒中的其它米可幻奇，超级英雄小分队再也无法一并作战，而他们的敌人却变得更加强大。影魔蝶如今称呼自己为魔煞，拿到奇迹宝盒的他与最终的胜利咫尺之遥。在掠夺过来的米可幻奇超能力的加持下，魔煞的战斗力有了极大的提升。他还打造了全民"联盟"戒指计划，企图通过这个智能设备获取奇迹少女和黑猫罗尔的蛛丝马迹。魔煞把米可幻奇能量赋予被他黑化的人，制造出更强大的超能反派。两位英雄主角孤身奋战，但他们将会比以往任何时候都更加团结。他们该如何打败强大的魔煞以及超能反派？
