曾几何时，世界上突然出现无数身形庞大的巨人，普通人类的生命受到前所未有的威胁。为了保护自身安全，最后的人类筑起三座高墙：玛莉亚、露丝和希娜。人类迎来了长达一个世纪的和平岁月，却也让自己成为圈养在笼中的鸟儿，屈辱地失去自由。845年，高达60米的超大型巨人和铠之巨人登场， 摧毁了最外层的玛莉亚之壁，也惊醒了人类似乎永远不会苏醒的长梦。在此事件中，不愿蜷缩在墙内的少年艾伦·耶格尔（梶裕贵 配音）亲眼目睹母亲遇害，由此更坚定了他加入调查兵团的决心。在此之后，艾伦和青梅竹马三笠·阿克曼（石川由依 配音）、好友阿尔敏·亚鲁雷特（井上麻里奈 配音）加入第104期训练兵团，发誓成为足以消灭所有巨人的英勇战士。百年的和平结束，人类和巨人的战争再度拉开序幕…… 本片根据谏山创的同名原作改编。
收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
十年前，几乎毁灭世界的大灾难中，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。 十年后，士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”，而每日不停的进行魔术锻炼。 偶然的一天，士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”，胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是，七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。 卫宫士郎深知，十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的，为了避免悲剧再次发生，他与自己的“英灵”Sabar一起，投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。
