一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
新的一年到来，青青草原涌现了更多的乐趣。先是懒羊羊身上发生奇妙的变化，一起意外让他拥有了神奇的超能力，由此引发了无数好玩有趣的事情，也令灰太狼遭受无数磨难，苦不堪言；而灰太狼的宝贝儿子小灰灰一天天长大，为了让灰灰顺利完成成狼礼，他想出诸多诡计帮儿子抓羊。而小灰灰不仅成功进入羊村上学，还令灰太狼与小羊们达成和解。在此期间，香太狼女儿香香也隆重出场，小灰灰终于要面对狼生路上的各种抉择。 奇妙搞笑的故事不断上演，各种神奇的道具更是层出不穷，懒羊羊和小灰灰的全新戏剧轻松道来……
