社畜王翠花穿越成了《恶魔宠妃》中的必死角色庾晚音，与同为现代人穿越的皇帝夏侯澹相认后，二人结盟，欲抵抗端王夏侯泊与太后两方的迫害。适逢燕国王子图尔以和谈之名来到大夏，此人暗怀对夏国的仇恨，受端王怂恿后，在邶山对夏侯澹展开刺杀。夏侯澹不慎中毒，却揭破了图尔被端王利用的事实，欲将其策反为己所用。就在这时，端王设下的伏兵准备将他们一网打尽，夏侯澹等人只得逃往地宫……皇宫内，已倒戈鱼蛋阵营的谢永儿焦急地等待这场危机的结局。宫外，阿白已经成为了大夏右军将领，集结军队准备一场大战。 此时，地宫中，众人终于捱到禁军前来救驾，夏侯澹却陷入昏迷……
鸣海孝之（谷山纪章 配音）、平慎二（青木城 配音）和速濑水月（石桥朋子 配音）是学生时代的好友，毕业在即，三人亦即将奔向不同的未来。某日，鸣海孝之结识了名叫凉宫遥（栗林美奈实 配音）的少女，在速濑水月的牵线搭桥下，鸣海孝之和凉宫遥走到了一起。 其实，水月一直暗暗的喜欢着孝之，在生日当天，她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之，希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而，当孝之告别水月来到约会地点时，等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后，凉宫遥从昏迷中苏醒了，可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天，殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
