哪都通公司表面上是一家快递公司，实际上是国内管理异人的秘密组织，担负着维持异人和正常社会平衡的重任。然而陆南区的临时工陈朵杀死了负责人并叛逃。哪都通总部下达命令，六大区临时工联手追捕陈朵……为了保住冯宝宝的临时工身份，张楚岚、冯宝宝以及其他哪都通临时工共同前往碧游村执行任务。
立藤美学园，仅仅因为一个入侵者——“它们”，而化作了地狱的坩埚！“它们”袭击人，咬人，产生出新的“它们”席卷了整个学园。在化成恶魔的世界的学园内，小室孝和青梅竹马宫本丽、朋友井豪永，暂时去避难。但是，为了保护丽而被“它们”咬的永却变成了“它们”……剩下来的两人，与其他幸存者，同级同学高城沙耶、平野户田、剑道部主将毒岛冴子、校医鞠川静香汇合，下定决心逃出学园！他们有办法活下来吗！？
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
