端木（许峰 饰）灵灵（曹曦月 饰）在探案过程中，发现了被宇宙病毒附体的暴恶兽人-欧克瑟亲王拉姆达（李宏磊 饰） 和符艾（龙女 饰），二亲王轻易占领关押着丧犬病毒感染者的U.C.P控制所，并使众多感染者再次成为欧克瑟，妄图组建欧克瑟大军，危害社会。U.C.P控制局派出卫队进攻控制所却屡受败绩，关键时刻雅塔莱斯和特鲁两位超级铠甲出现解救了控制所内的人质。拉姆达和符艾利用诡计潜出被D卫队包围的控制所，准备危害城市。端木、青山（曾祥程 饰）、阔海（李欣泽 饰）、柯胜（朱佳琦 饰）分别召唤雅塔莱斯、特鲁、拿瓦、茨纳米、驮拏多、酷雷伏铠甲，利用自然的力量对违反自然的可怕欧克瑟迎头痛击。不料，拉姆达与符艾却酝酿着另一个巨大的阴谋……
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
