三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，不单一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客，促使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。 三剑客在小果叮的帮助下捡回一命，重拾斗志誓要查出真相。在小果叮的指示下，各人各尽所长，千方百计寻找莲珠。历经重重苦难，并的机甲在莲珠的洗礼下得到重生，三人不断提升自我，获得新的技能和必杀技，对方也得到力量加强和武器升级，尤其是加上神鬼莫测的忍术，三人多次陷入苦战。三剑客屡败屡战，在失败中成长，反败为胜。女特攻们同样自强不息，一样创出新的招数和技能必杀，来支援三剑客。众人在花果山汇合，迎来与东方求败的终极一战。几经艰辛终于获得胜利，但东方求败的失败并不意味事情结束。 果宝们几经艰辛，终于来到第七层。真正的幕后黑手是外来人类龟太公。单凭众人之力并不足以抗衡。这时，养精蓄锐的老特攻们及时出手，2代特攻通力合作与龟太公周旋。这正正便是方丈和果佬计划好的联合作战计划。在敌我实力悬殊下，众果宝特攻突破自我，进化成黄金7合体，与龟太公决一死战。
The ninja turtles are back! But with a TV show. When the Turtles get accepted as humans, and go to high school while being heroes, they are now being pressured Of Doing both things at the same time. With the OG villain of the 1987 TV show, the turtles also have to fight the Shredder.
古争锋本是守护神龙星的神龙，在上古与外星敌人的战斗中身受重伤故陷入了长久的沉睡。时光荏苒，再度苏醒的古争锋发现神龙星早已物是人非，而昔日受人敬仰的神龙也成了人们口中的恶龙，为了调查真相，也为了取回藏在龙王学院的宝藏，古争锋化为人形以导师的身份进入龙王学院，却阴差阳错地成为屠龙系的老师，为此古争锋一面悉心教授学员，一面努力找寻宝藏，几番调查下，古争锋发现龙王宝藏的知情人皆已离世，眼下唯一的线索可能在副院长夜江雪的手中。在接近夜江雪的过程中，古争锋多次出手协助，让夜江雪沉寂已久的内心泛起一丝涟漪，而与此同时，古争锋也被一股神秘力量盯上，躲避了多次暗杀行动后，古争锋感觉旧时的威胁正在逐步逼近，而找寻宝藏恢复力量，锻炼学员组成新的神龙军团抗击敌人迫在眉睫……
