在遥远宇宙的最深处，有一颗名为塞博坦的星球。数千万年前，一种高级智慧生命体为了某种目的开发出军用和民用两种机器人，但是随着各种事件的发生和机器人不断进化，机器人最终取得独立和自由。他们分别称作狂派（霸天虎）和博派（汽车人），双方为了争夺塞博坦的统治展开旷日持久且不断升级的战争。时至今日，能源枯竭的塞博坦迫使博派向外寻求能量，而狂派尾随而至，双方最终来到了地球。自此以后，双方在擎天柱和威震天的率领下，以地球为据点展开新一轮的较量。神乎其神的变形能力，不断得到开发的新型战士，以及彼此全力争夺的能量块。宏伟的变形金刚故事缓缓拉开大幕…… 本片为孩之宝公司为配合相应的玩具销售而制作的经典系列动画。
故事发生在名为美滨学园的私立寄宿制学校之中，高耸的墙壁和森严的制度让这所仅有五名学员的学校成为了与世隔绝的桃花源，某日，一位名为风见雄二（樱井孝宏 配音）的男生转学来到了这里，打破了此处维系多时的平衡，与此同时，雄二亦是学园中唯一的男性。 冷漠寡言的千金大小姐榊由美子（田中凉子 配音），大大咧咧毫无防备的周防天音（田口宏子 配音），傲娇毒舌的金发双马尾松岛满（水桥香织 配音），表面天真无邪实则神秘莫测的入巢莳菜（民安智惠 配音），温文尔雅却略微有些天然呆的小岭幸（清水爱 配音），在这些个性迥异的女孩子们的围绕下，雄二会迎来怎样的校园生活呢？
