作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平,以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开,虽然萌绘并不是犀川研究室的成员,但参与了该研究室此次的研讨旅行,地点定在了妃真加岛。随后,在萌绘的提议下,犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所,然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机,之后又连续发生杀人事件,被卷入其中的两人一同解决充满谜团的连环凶杀案……
十年前,几乎毁灭世界的大灾难中,卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救,成为其养子。 十年后,士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”,而每日不停的进行魔术锻炼。 偶然的一天,士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”,胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是,七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。 卫宫士郎深知,十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的,为了避免悲剧再次发生,他与自己的“英灵”Sabar一起,投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。