在原本是平凡生活中的一天,整个世界发生了异变,床主市街上出现大量如同丧尸般的死体,而主角小室孝所就读藤美学园的也遭到死体的袭击。为了求生小室孝集结了包含青梅竹马在内的一批人,在这如同地狱般世界中,过去的各种价值观及法律已毫无意义,为了能在这现实的世界存活下去,人们的自私、黑暗、疯狂开始渐渐浮现,而主角一行人必须抛弃从前所谓的理想,面对残酷的现实,并在这崩坏的世界求得一线生机…
曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。 地球圈失去了至今为止的统治机构,在新的支配体系下,新世界被构筑起来。一时的和平到来,与此同时,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。 主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。
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