人类长期以来隐藏在墙壁中的巨大秘密是——
虽然调查兵团离真相更近了一步，但由于当时的王政，被冠以了反叛者的污名。
但是，人类不仅仅是被饲养的家畜。
艾尔文·史密斯追求真相的的执念打动了宪兵团的高层，最终爆发了针对现行体制的政变。
一直欺骗民众的虚伪之王被废，继承了真正王室血统的希丝特莉亚·雷斯即位。在亲自讨伐巨人的勇敢女王的带领下，人类迎来了新的时代。
艾伦·耶格尔获得了硬质化能力和由此诞生的新型对巨人兵器。
稳步而顺利地进行反抗准备的人类，为了心中的夙愿，毅然实行了夺回玛利亚之墙的作战。
这是人类和巨人赌上彼此生存的终极之战。在那之前，艾伦、人类到底能得到什么呢？
元初城游神卫？天妖门？灭妖会？煞？ 东宁府大战之后，孟川上元初山之前，谜题能否揭晓——
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
