曾几何时，世界上突然出现无数身形庞大的巨人，普通人类的生命受到前所未有的威胁。为了保护自身安全，最后的人类筑起三座高墙：玛莉亚、露丝和希娜。人类迎来了长达一个世纪的和平岁月，却也让自己成为圈养在笼中的鸟儿，屈辱地失去自由。845年，高达60米的超大型巨人和铠之巨人登场， 摧毁了最外层的玛莉亚之壁，也惊醒了人类似乎永远不会苏醒的长梦。在此事件中，不愿蜷缩在墙内的少年艾伦·耶格尔（梶裕贵 配音）亲眼目睹母亲遇害，由此更坚定了他加入调查兵团的决心。在此之后，艾伦和青梅竹马三笠·阿克曼（石川由依 配音）、好友阿尔敏·亚鲁雷特（井上麻里奈 配音）加入第104期训练兵团，发誓成为足以消灭所有巨人的英勇战士。百年的和平结束，人类和巨人的战争再度拉开序幕…… 本片根据谏山创的同名原作改编。
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
洗心革面之后，格鲁（史蒂夫·卡瑞尔 Steve Carell 配音）作为特工成绩斐然，却因未能打败坏小子巴萨扎·布莱德（崔·帕克Trey Parker 配音）而被新局长扫地出门。就在此时，他收到一封远方来信，这才得知自己原来还有一个双胞胎兄弟德鲁（史蒂夫·卡瑞尔 Steve Carell 配音）。在德鲁盛情邀请下，格鲁带着妻子露西•王尔德（克里斯汀·韦格 Kristen Wiig 配音）以及玛戈（米兰达·卡斯格拉夫 Miranda Cosgrove 配音）、伊迪丝（达娜·盖伊 Dana Gaier 配音）和阿格蕾丝（埃尔希·费舍 Elsie Fisher 配音）来到了他亲生父亲所居住的地方探亲。德鲁天真烂漫，却一心想和哥哥搭档成为坏蛋二人组。格鲁虽然暂时回归狂野，可正义之心并未泯灭。 尤其当巴萨扎邪恶的计划和三个可爱的孩子牵扯到一起时，他再也无法坐视不理……
