本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量…… 三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。 为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
在校园里，兵藤一诚（尾裕贵 配音）“大色狼”的“美名”广为流传，托它的福，一诚至今任然过着没有女朋友的孤苦生活。这注定是不寻常的一日，首先，一诚居然收到了来自美少女的告白；然后，当一诚正准备开始他梦寐以求的幸福约会时，他被果断的杀死了！当一诚再次睁开眼时，面前的红发女子告诉一诚，是她复活了已经死去的他，并且从今天开始，他将成为她的奴仆。 红发女子名叫莉雅丝（日笠阳子 配音），其真实身份是一名恶魔。袭击一诚的女子隶属“堕天使”的行列，从莉雅丝口中的“战争”和“神器”等艰涩的名词，以及接连不断的，来自于堕天使们的攻击中，一诚知道，自己单纯快乐的校园生活即将画上句点。
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
濑能名津流（井上麻里奈 配音）是一位平凡的高中男生，某一日，在机缘巧合之下，他竟然成为了拥有超能力的肯普法战士，然而，所有的肯普法战士均为女性，而莱能变身之后，亦为女性的形象。就这样，在忽然开口说话的玩偶切腹虎（野村道子 配音）的调教和指导下，濑能开启了他的“双重生活”。 温和内向的图书管理员美嵨红音（堀江由衣 配音）、温文尔雅高高在上的学生会长三乡雫（名冢佳织 配音）、大大咧咧热情开朗的近堂水琴（阿澄佳奈 配音）、深藏不露十分腹黑的沙仓枫（中岛爱 配音），和濑能一起活跃在战线上的，是这些个性迥异的可爱女孩子们，她们需要共同面对的，是怎样强大的敌人呢？
奇师戏影策兵涛，逐浪祸海乱天道； 镜域侠武决干戈，龙首风痕会英豪。 儒门天下，镇门宝剑惊生变故，特聘剑师却受困于一处与元河天藏息息相关之地。只见熟悉的无双风华再现，为儒门天下安危，儒门龙首．疏楼龙宿再渡红尘，更将揭开不为人知的过往。 绝代剑者、冷傲超尘，隐居多时的风之痕师徒为何再现武林？离人公子会见故人复朝伊，两人之间的契约牵涉何等内容？邪帝绝式惊现江湖，伴随意外的虎形身影，白城舆身上有何变故？奇异女子金缕凤衣．灵悉潮又对他有何意图？ 异土镜界，流传天旨：羽剑竞暝刀，胜者号令定天下。境内四族，木族、兽族、金石族与人族主持的偃武三千楼、不秋阁，争抢灵脉，征战未曾休止。镜界高人梅林之主．知北游更力战作恶多端的奇迹影法师，双双重创；直至横空入世的木族龙君．森墨君策局，方得平息。但如今，元河天藏回归，异界外人接连来至，一切将风云变色！ 暗处黑宫，奇诡的皮影戏，上演着一出死讣预告，奇迹影法师、云渊御辩．复朝伊，紧觑刀剑之争，策动蓝图计划，他们究竟有何图谋？暗潮下，神秘的泉先海族伏伺已久，将掀汹涌巨浪！ 异域风云，阴谋暗生，暝刀羽剑，兵涛劫祸； 奇人策戏，镜界鏖兵，海族恶魔，群谱挽歌； 儒首魔剑，龙君知者，纷纷侠踪，谁定天道？
