故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
你是否想过,在霓虹璀璨的都市之下,潜藏着来自古老神话的怪物?你是否想过,在那高悬于世人头顶的月亮之上,伫立着守望人间的神明?你是否想过,在人潮汹涌的现代城市之中,存在代替神明行走人间的超凡之人?人类统治的社会中,潜伏着无数诡异;在那些无人问津的生命禁区,居住着古老的神明。炽天使米迦勒,冥王哈迪斯,海神波塞冬……而属于大夏的神明,究竟去了何处?在这属于“人”的世界,“神秘”需要被肃清!