新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。 少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。” 我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……
在遥远宇宙的最深处，有一颗名为塞博坦的星球。数千万年前，一种高级智慧生命体为了某种目的开发出军用和民用两种机器人，但是随着各种事件的发生和机器人不断进化，机器人最终取得独立和自由。他们分别称作狂派（霸天虎）和博派（汽车人），双方为了争夺塞博坦的统治展开旷日持久且不断升级的战争。时至今日，能源枯竭的塞博坦迫使博派向外寻求能量，而狂派尾随而至，双方最终来到了地球。自此以后，双方在擎天柱和威震天的率领下，以地球为据点展开新一轮的较量。神乎其神的变形能力，不断得到开发的新型战士，以及彼此全力争夺的能量块。宏伟的变形金刚故事缓缓拉开大幕…… 本片为孩之宝公司为配合相应的玩具销售而制作的经典系列动画。
某天，一直以为自己是独子的高中生·阳太郎，其亲生母亲突然前来相认，之后更接他到真正的家里居住。可是当阳太郎踏进家门的一刻，他才意识到原来他还有19位姐妹。就这样，这位新哥哥便要和19位姐妹好好地相处了……
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
