从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹,他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生,被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格,一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在,被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见,各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子,而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵,试图夺取他们的力量,因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
原《无上神帝》第465集即为《无上神帝 第五季》第1集。
因兴趣而开始做英雄的男人,埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量,成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起,开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时,英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性,并准备开始研究对策。此时,对怪人感到憧憬的饿狼出现了。