辰南一行人离开东褚国,拜师入学神岚学院,协同梦可儿等人共同探寻邪道破灭道的真相,同时辰南自身的身世秘密逐渐浮出水面。
热爱冒险的14岁少年翔锋,在一次野外探险的时候闯入了外星侵略者和地球联合军的战场,在躲避攻击的过程中跌入神秘山洞,遇到一个被水晶封印的神秘少女,并意外触发洞中的远古遗迹机关唤醒了沉睡的少女灵心,被吸进入异空间的翔锋获得了凝聚星球意志的星魂之石和召唤咒语。回到现实的他遭到机兽的追杀。在危急时刻星魂之石发生共鸣,翔锋念出咒语唤醒星球的意志,意志能量附着在一辆废弃的跑车上,变形成为红色的机器人——烈空焰,轻松击退了外星机兽。烈空焰是为了守护星球而诞生的6个星魂战士的其中一个,它的主人就是唤醒它的少年翔锋。从此翔锋肩负起守护地球的艰巨责任,他和烈空焰一边寻找唤醒其它的星魂战士,一边和外星侵略者派出的各种敌人展开激烈战斗……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。