在一个阳光明媚的日子里，草帽海贼团的伙伴们正在某个海滩悠闲度假。然而泊在岸边黄金梅利号就在他们鼻子底下被人偷走。一个礼拜后，他们仍旧灰溜溜地在海上漂泊。正在为难之时，路修等人遇见小毛贼博洛德和阿基斯。这二人正打算前往发条岛盗取名贵的钻石钟，而黄金梅利号很可能就是盘踞岛上的扑克牌海贼团所窃。不久他们遇见扑克牌海贼团的船队，然首次交手便告失利，娜美更被对方虏去。为了找回船和同伴，并得到钻石钟，草帽海贼团与盗贼兄弟燃气斗志，向发条岛挺进…… 本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2001年上映的第二部动画剧场版，尾田同时担任作画监督。
在水果江湖中，武术是最受人追捧！其中更以果宝大侠橙留香、菠萝吹雪、陆小果成立的正教最让人瞩目。三人号称果宝三剑客，在水果江湖行侠仗义，锄强扶弱，受到万民崇拜。但就在正教三周年庆祝会上，四大恶贼横空出世打败三剑客，将正教改为歪教，并四处铲除其他教派，抓捕村民，将水果江湖搅得民不聊生。 为解救民众和重现正教，在江湖奇人疯清扬暗中帮助下，三剑客打败怪兽得到神兵升级机甲，一路向着四大恶贼的所在地进发，在途中更与上官子怡、小果叮、夜燕等人共同经历了一段段嬉笑怒骂，热血搞笑的故事。而一次次的苦战，就是一次次成长，凭着百折不挠，永不放弃的心，三剑客终于打败四大恶贼，重回巅峰。 当三剑客以为危机解除，未曾想四大恶贼的幕后主使东方求败出现！面对企图颠覆水果江湖的东方求败和四大恶贼，三剑客与疯清扬等人与他们在七界山莲花处展开了一场惊天动地、事关水果世界存亡之战。最终，三剑客等人与东方求败和四大恶贼同归于尽，用生命守护了水果世界。
濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
