神捕世家传人毛不遇（任豪 饰）与隐瞒了盗门魁首身份的卖花姑娘楚云裳（宋伊人 饰）相爱。毛不遇为了打破祖训迎娶卖花姑娘云裳，立下军令状擒获盗门魁首晋升六扇门捕头，而面对传承家族使命的责任，云裳只好在盗门魁首和卖花姑娘之间不断转换身份，一场猫鼠之战悄然展开。
张翠山和殷素素因无意中卷入了屠龙刀的纷争，被迫流落到极北大洋的荒岛，并在那里生下了一个儿子，取名为无忌。他们与金毛狮王谢逊一同度过了几年在荒岛上的平静生活。但当无忌九岁时，随着父母回到中土，他们却被江湖人士追杀。父母为了保护谢逊和屠龙宝刀的下落，选择了自刎身亡。无忌自己则因受到玄冥神掌的伤害，寒毒入侵体内，面临生死存亡的挑战。 尽管经历了这一切，无忌却泰然处之，不为父母报仇，也不畏惧死亡。他从十二岁开始在蝴蝶谷求医，到十四岁出谷，虽然经历了不少江湖风浪，但依然过得自由自在。直到十四岁时，他护送杨不悔去昆仑山寻找父亲，才真正踏入了江湖之中。在江湖中，无忌历经千辛万苦，曾救治过许多武林人士，却也遭受了背叛和恩将仇报的伤害。尽管他经历了种种挫折，但他依然坚强勇敢。在一次意外中，他进入了一个群山环抱的翠谷，成为了一个世外桃源。在那里，他意外获得了失传已久的武功秘籍《九阳真经》。
第一季的最后一集，当迈克（文特沃斯•米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克•珀塞尔 Dominic Purcell 饰）他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹，于是，他们各自展开了逃亡生涯。 FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管，他决定逐个击破。另一方面，莎拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口，她开始相信麦克了，并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹；副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时，将LJ一家都杀死了，而却被LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索……一切阴谋似乎都在慢慢揭开。
诸葛正我（马德钟 饰）、元十三限（欧锦棠 饰）和天依居（陈锦鸿 饰）是情同手足的同门师兄弟，其中，天依居自知无法在武学上有所造诣，所以退而求其次，开始研究起了奇门遁甲。而诸葛正我和元十三限都是习武的人才，两人水平不分高下，是师门中势均力敌的对手。 令元十三限感到遗憾的是，直到学成下山，他都未能够打败诸葛正我，因此对此格外执着，下山之后，元十三限选择隐居山林精进武艺，并将诸葛正我视为唯一的对手。而诸葛正我则投身于朝廷之中，为国效力。与此同时，一位名叫小静（佘诗曼 饰）的女子走进了两人的生活，令两人之间的矛盾再度升级。
