经过艰苦的激战，汽车人夺回饱经战火的母星赛博坦。擎天柱表彰了大黄蜂等部下的功勋，随即和千斤顶踏上了前往宇宙深处寻找火种源的漫长之旅。另一方面，宇宙大帝唤醒沉睡在海底的威震天（Frank Welker 配音），对他的力量进行升级，以期消灭普神，创造混沌纪元。拥有光速的威震天，气势汹汹向赛博坦逼近。与此同时，大黄蜂等人一面进行赛博坦的复建工作，一面防备红蜘蛛和震荡波等人的侵袭。谁知此时，两只巨狰狞的出现让一切陷入混乱。似乎感受到霸天虎的衰落，拥有原始兽性的巨狰狞冲云霄蠢蠢欲动，为祸四方。 赛博坦黎明的前夕，和平远远未曾到来，最可怕的远古军团即将复活……
精灵宝可梦，简称宝可梦。 这个星球上有许多不可思议的不可思议生物。 空中、海中、森林中、街道中，你可以在这个世界的任何地方看到它们。 小智和皮卡丘继续着他们的冒险， 追寻着成为“宝可梦大师”的梦想。 与沿途的野生宝可梦相遇── 以及试图夺取皮卡丘的火箭队── 小智与皮卡丘在这样不变的冒险中过着每一日， 在某个森林中， 他们遇见了受伤的传说宝可梦·拉帝亚斯…！
