艾伦为了毁灭世界,发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻,摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克,以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦,展开了最后的战斗。
在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
女王曼多拉认为人类是自私而丑陋的,就算一时好心帮助朋友也是善变的。而店长辛灵仙子则相信人类是美丽善良的。她们发起了新的赌注。女王以铁希的生命诱惑文茜,逼她说出了辛灵藏在仙境的大门位置。虽然女王无法破除咒语前往人类世界,却能在大门设下陷阱。为了修正冰公主的冰封术,让舒言重新生长,叶罗丽战士们一起回到了仙境。没想到刚到陷阱,就步入了女王精心准备的陷阱,她们被女王分别封入了镜空间。